R語言是在1991年由新西蘭奧克蘭大學的Robert Gentleman 和 Ross Ihaka 及其他志愿人員開發的語言系統。因為這兩個開發者的名字都是以字母R開頭,所以就叫做R語言,R是一個功能強大、用途廣泛的統計分析、繪圖的語言和操作環境。
為生物統計而生的語言
生物數據分析當中很多地方都需要用到統計分析,R的開發最初就是要解決生物統計方面的問題,其創始人之一的Robert Gentleman就是一位生物學家。R是一個全面的統計研究平臺,豐富的數據分析工具幾乎可以完成任何類型的數據分析工作。
比如Bioconductor包,已經收錄了包括做轉錄組差異分析的常用包DEseq2,edgeR,芯片數據分析相關的limma、affy包等等約2000個包。當然R語言不止只有Bioconductor,還有CRAN也收錄了很多R包。
開源免費
市面上也有很多其他流行的統計和繪圖軟件,例如微軟的Excel、SAS,IBM的SPSS、Stata、S-PLUS以及Matlab等。但這些軟件大多是商業軟件,需要支付高昂的費用才能使用,而R語言則是免費的。
優秀的繪圖功能
數據在統計分析之后,最重要的就是要把結果可視化的展示出來,R擁有頂尖的繪圖功能,可以繪制非常專業精美的圖形,很多頂級雜志當中漂亮的圖都是應用R語言繪制的。
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