miRDB通過MirTarget這個軟件預測了人,小鼠等多個物種的miRNA靶基因信息,并將其整理成了數據庫,網址如下
http://www.mirdb.org/
該數據庫中涵蓋的物種如下
huaman
mouse
rat
dog
chicken
每個物種相關的miRNA和靶基因數量統計如下
除了提供軟件預測的靶基因結果外,該數據庫還做了一個文獻整理的工作,將報導了miRNA前體或者成熟miRNA功能的相關文獻收集整理,匯總形成了一個miRNA功能數據庫,稱之為FuncMir, 該數據庫包含了人和小鼠這兩個物種中的miRNA信息,示意如下
點擊紅色鏈接可以查看詳細信息和相關的pubmed文獻。
官網提供了兩種檢索功能
該功能一次只可以檢索一個miRNA后者gene, 檢索框如下所示
該功能用于一次檢索多個miRNA或者gene,檢索框如下所示
檢索結果如下所示
結果會按照TarGetScore進行排序,由于是軟件預測的結果,score值越高,可信度也越高。通常認為score大于80的結果是相對可靠的,而低于60的話可信度就很差了。
該數據庫提供了下載功能,可以方便的下載數據庫中的所有信息,示意如下
miRDB本質上是一個軟件預測的miRNA靶基因數據庫,如果只看這一個數據庫,結果的假陽性率會比較高,最好的做法是結合多個軟件預測或者數據庫的結果,類似miRWalk數據庫的思路,來彌補單一軟件算法的不足之處。
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