mirtarbase(miRTarBase數據庫有什么用)

miRTarBase是一個手工收集的,經過實驗驗證過的miRNA靶基因數據庫,網址如下

http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php

如下圖所示,miRTarBase最新版本為V7.0, 于2017年9月15號更新,共收錄了23個物種。4076 個miRNA, 23054 個基因,422517 個靶基因相互作用

通過Browse功能,可以利用以下四種方式瀏覽數據庫中的內容

1. miRNA ID

2. Target Gene

3. Disease

4. Species

   
   

Statistics提供了每個物種對應的miRNA靶基因情況,示意如下

以Human為例,共收錄了2599 個miRNA, 這些miRNA 的靶基因的集合共有15064 個,而人一共有2萬多個蛋白編碼基因,接近80%都受到miRNA的調控,可見 miRNA調控機制的廣泛性和重要性。

對于miNRA-Target Gene , 共有380639 條記錄, 平均每個miRNA有380639 / 2599=146個靶基因, 而每個基因平均受到380639 / 15064 = 25 個 miRNA的調控。

Search功能則提供了多種檢索方式

1. By miRNA

以mirBase數據庫中的miRNA ID進行檢索,示意如下

2. By Target Gene

以Gene Symbol進行檢索,示意如下

3. By Pathway

以kegg pathway通路進行檢索,示意如下

4. By Validated Method

以各種驗證miRNA和靶基因相互作用的手段進行檢索,示意如下

5. By Disease

以疾病進行檢索,示意如下

6. Advanced Search

高級檢索功能,支持一次檢索多個miRNA或者基因,示意如下

檢索結果如下所示

對于每條miRNA靶基因的記錄, 都會賦予1個唯一的 miRNA-target interactions (簡稱MTs) 編號,比如MIRT000287,對于檢索結果,可以根據實驗證據的可靠性,進行篩選。

miRTarBase不僅提供了高可信度的miRNA靶基因信息,同時也提供了文獻報道的miRNA和疾病之間的相關信息。