MIMIC-IV數據庫介紹與使用說明

MIMIC-IV

• 一些基本邏輯
• 各模塊和table介紹
• • Tables
  • • Core
    • Hosp
    • ICU
    • ED
    • CXR
    • Note
• 官網及數據庫下載網址
• 2022.6.12 更新

在word中更加詳細的列出了各table中table所代表的含義以及我在使用中所遇到的問題，可在資源頁面進行下載。

一些基本邏輯

病人定義：
subject_id
每個患者有唯一的subject_id
hadm_id
患者的每一次入院會有一個唯一的hadm_id
transfer_id
患者每一次更換病房會有一個唯一的transfer_id
stay_id
在相同類型病房內進行轉移，則會更新一個transfer_id，但會有相同的stay_id，例如用ICU中的一個病房轉移到另一個病房，則stay_id不變，transfer_id更新。
所有id的分配都是隨機的，與時間先后無關。
date and time
后綴為date的，分辨率最低為天；后綴為timed的字段，分辨率最低為分鐘。
charttime and storetime：分別是測量的記錄時間與儲存時間。通常以charttime為準
d and icd
命名為d_開頭，為編碼表。d_icd開頭，為icd編碼表。icd結尾的表，為使用icd編碼的記錄表。

各模塊和table介紹

在word中列出了各table中table所代表的含義以及我在使用中所遇到的問題，可在資源頁面進行下載。

Tables

分為六個模塊，Core、Hosp、ICU、ED、CXR、Note

Core

Core模塊包含患者跟蹤數據。這里描述了人口統計、入院信息和住院病房轉院情況
admission
患者入院信息，以每次入院為單位記錄，每條記錄有一個單獨的hadm_id
patient
患者信息
transfers
病房轉移信息

Hosp

Hosp模塊涵蓋的信息包括實驗室測量，微生物學，藥物管理，和收費診斷等

d_icd_diagnoses
包含國際疾病分類(ICD)第9版和第10版的診斷代碼。icd_code一定要讀取為字符串，因為開頭為0是有意義的，若讀取為數值會有重復，如01622和1622代表不同疾病。
diagnoses_icd
患者診斷信息表。seq_num代表診斷的優先級，序號越靠前越重要，而低優先級的排序有時并不準確。drgcodes
也是與診斷相關的表，使用Diagnosis Related Group(DRG) code.編碼，與diagnose表中的主要診斷相對應。
d_icd_procedures
procedures_icd
患者住院期間的手術信息，包括在ICU期間的信息。
d_labitems
實驗室檢查定義表
labevents
病人實驗室檢查的記錄
prescriptions
處方數據，藥物數據
pharmacy
藥房數據表，以pharmacy_id字段與prescriptions表相關聯，相當于對prescriptions表中各處方信息的補充。
此外，還有微生物培養、收費、訂單等表格

ICU

包含從ICU內使用的臨床信息系統收集的信息。記錄在案的數據包括靜脈給藥、呼吸機設置和其他圖表項目等。
每個患者每次入院可能有多次icu，每次icu對應一個stay_id
d_items
包含ICU內發生的所有項目的編碼，通過itemid字段與ICU模塊內的其他表格關聯。
ICU stays
入住ICU的時間信息
chartevents
Chartevents包含了一個病人可用的所有圖表數據，有些lab數據與labevents表中的數據重復。

ED

急診信息，包含急診診斷，病人體征等信息。通過subject_id和hadm_id與其他模塊相連接。急診的患者如有hadm_id，則說明該患者住院治療。ed患者不一定住院，住院的患者也不一定從急診入院。
diagnosis table
診斷表為患者提供診斷列表。從急診科出院后確定診斷。
edstays table
急診科來訪的主要跟蹤表。它提供了病人進入急診科和離開急診科的時間
medrecon table
在進入急診室時，工作人員會詢問病人目前正在服用什么藥物。這個過程被稱為藥物協調，醫療檢查表存儲了護理人員的調查結果
pyxis table
提供了通過pyxis系統配制藥物的信息。
triage table
包含病人在急診室第一次分診時生命體征信息
vitalsign table
急診室收治的病人常規的生命體征需要1-4小時。這些生命體征保存在生命體征表中
vitalsign_hl7 table
急診收治的病人可通過遙測技術進行監測。每分鐘的生命體征都被傳送到醫院的中央服務器，這些生命體征都被記錄在這里。

CXR

X光胸片文件，源數據是dicom格式，但也提供了jpg格式的下載。包含了胸片及影像學報告。值得注意的是，存在有影像的患者沒有住院記錄的情況。
cxr-record-list
影像列表
cxr-study-list
影響報告列表
mimic-cxr-2.0.0-chexpert
使用CheXpert labeler（基于影像學報告的非人工標注，斯坦福與麻省理工合作）標注了14個標簽，標簽如下表
mimic-cxr-2.0.0-split
提供了參考的訓練集、驗證集、測試集劃分

Note

官方還未發布
(NOT PUBLICLY AVAILABLE): 所有文本報告，出院、超聲、心電、影像等報告

官網及數據庫下載網址

官方介紹見 MIMIC官方網站
MIMIC-IV 數據庫下載見 MIMIC-IV發布頁
X光胸片dicom格式數據下載見 MMIC-CXR Database
X光胸片JPG格式數據見 MIMIC-CXR-JPG
急診數據見 MIMIC-IV-ED

2022.6.12 更新

MIMIC-IV于2022.6.12發布V2.0版本，有以下變動
一、主要變化

移除了core模塊，目前admissions, patients 和 transfers 表格存在hosp模塊里；

移除了新生兒數據，后續將與新生兒重癥監護室的數據一起在其他項目中單獨發布。

添加了兩個新表，ingredientevents和omr

二、ICU模塊

icustays
由于patient表的變化，大約700個stayids（約1%）發生了改變。

chartevents, d_items
chartevents表中新增加了itemid=220001，以記錄來自MetaVision 的1000多個問題 。大多數記錄在案的問題與患者的護理計劃有關，并在護士輪班期間（早上 7 點或晚上 7 點）記錄在案。

ingredientevents
這是一個與 inputevents關聯的新表。在 inputevents表中跟蹤的每一次靜脈給藥都與一組成分相關。這些成分包括含水量、熱量信息等。 inputevents表支持營養學相關研究，并通過對所有水成分求和以用于評估fluid input。目前，這些成分已從inputevents表中分離出來，添加至新表ingredientevents中。

inputevents
僅刪除了包含空值的列：cancelreason

procedureevents
刪除了以下僅包含空值的列：
totalamount, totalamountuom, cancelreason, comments_editedby, comments_canceledby, comments_date, secondaryordercategoryname.

三、Hops模塊

admissions
修復了患者通過急診入院時缺少 edregtime 和 edouttime 的問題。

patients

dod現在填充了來自州死亡記錄的院外死亡。對于入住 ICU 的患者，這一變化已將死亡日期記錄從 8,223 條增加到 23,844 條（即，2.0版本中另外有15621名ICU患者的院外死亡記錄）。也就是說，2.0版本的mimic iv中有隨訪數據了！

2.0版本中患者納入MIMIC中的機制有所不同。很大程度上優化了合并同一患者多個醫療記錄號碼的邏輯。由于此更改，大多數表的數據內容都發生了變化。大約有1%的stays受到了影響。

transfers
修復了hadm_id為NULL的 ED 患者（即只入ED沒有入院的患者）的outtime問題。原先存在的問題導致transfers表中所有hadm_id為NULL的患者在院內停留時間是錯誤的。2.0版本中已經修正了outtime列的這個問題。

labevents, d_labitems

更改了d_labitems表中的43項itemid。

loinc_code列已被刪除。將在官方git代碼倉中協作開發，其初始值將來自醫院系統。
③許多以前在comments字段中有值的實驗室指標現在在value字段中也有值。

microbiologyevents
microbiologyevents表中增加了新的病原體、檢驗、標本和抗生素。

omr
omr是一個新添加的表。 此數據的來源是在線醫療記錄，其中包含有個人健康狀況的多種信息。從 v2.0 開始， omr 表具有以下信息：血壓、身高、體重、BMI和估計腎小球濾過率 (eGFR)。這些值可從住院和門診訪問中獲得，并且在許多情況下，患者住院前的“基線”值是可用的。

prescriptions
formulary_drug_cd列已添加回來（以前在MIMIC-III中有）。此列與 emar_detail表中product_code列具有相同的值。