與一般的Web網站相比，電子商務網站的基本結構有較大的區別。普通的Web網站主要顯示事先編輯好的HTML網頁或XML網頁，數據量較小;電子商務網站以商務數據處理為主，數據類型復雜、數據流人量大、數據交換頻繁，因此數據庫的運行效率直接影響整個電子商務系統的效率，數據的安全性直接影響著系統的正常運行。所以，運行效率和數據安全等是影響電子商務網站構架的重要因素。
1.運行效率：電子商務網站的系統資源主要集中于數據處理，其次是服務與管理，最后是文本瀏覽。網站建設時應該將設備、開發、軟件投人的$0%以上用于提高系統效率。設計數據庫時還應考慮并發數據處理的效率問題，因為不同的數據庫本身的并發處理能力有一定的區別。設計數據庫結構時要考慮如何對數據和操作做好分類工作，并進行必要的負載測試，以找出并發處理效率最高的方案。
2.數據安全：電子商務網站的數據大部分是來自于用戶的，因此數據安全極其重要。一般來說，通過防火墻、數據庫安全機制、數據備份機制等可以有效地保證數據安全。
3.開發效率：電子商務是正在發展的新的貿易形式，隨時處于動態變化之中。因此，電子商務網站要適應變化的需求，其客戶來源、功能設置、管理模塊、維護程序等可能長期處于調整和修改狀態，只有不斷地提高開發效率，才能使系統達到滿意的調整速度。
4.投人資金：電子商務網站的技術技術平臺需要不斷擴充與強化，資金的投人要永遠領先于訪問量、數據量的增長。
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