企業開展電子商務活動的合作關系有兩個層面上的伙伴關系，一個是基于B2B模式的企業之間的動態合作聯盟，另一個是基于B2C模式的企業與客戶之間的貿易伙伴關系。
(1)企業與企業間的電子商務合作伙伴關系
傳統的企業大多采用大而全和小而全的封閉型生產模式，大多數企業資源浪費嚴重、效益低下，因此迫切需要用種新型的生產組織形武來改造原有的形式。
在Internet出現以前，為了建立相互信任的合作關系，企業往往多次往返于待選合作伙伴之間進行考察、談判、擬訂契約等；建立合作關系后，為了協作設計和協同制造，企業又要在合作伙伴之間往返，以協調設計和制造關系，交易費用相當高。因此企業尋找合作伙伴一般受地域范圍的限制。為了降低合作的交易費用，企業間的協作關系一般較為穩定，常以組建企業集團、互相參股、控股等方式強化合作關系。這樣，企業的規模是大了，在“賣方市場”環境下是有利的。企業可以通過提高產品質量、擴大產品的生產批量和生產經營規模來降低單位產品的制造和管理費用，從而降低成本、提高企業的市場競爭力和經濟效益。俗話說“船大難掉頭”，即慣性大，對市場變化的反應能力差，產品品種變化慢，產品更新時間長，企業重組難。的網絡環境下，企業的組織形態、經營模式和管理機制需要有全方位的創新，使之適應網絡經濟的要求。制造企業不再是孤立的個體，而是社會化大系統中的一個成員，并作為動態的生產環境中一個可以使用的個體資源，可以利用網絡以企業集成(或企業聯盟)的形式，通過合作與競爭，參與動態的系統重組。
參與這種企業集成的單元(可以是一個企業、企業的一個部門，如功能獨立的車間、班組、一個生產子系統或職能部門，甚至一臺或若干臺制造設備)能夠借助先進的計算機、網絡通信工具就某項制造業務或服務采取迅速協調行動，彼此之間通過不同的增值鏈進行聯系。從本質上說，每一種最終產品都對應著一條條增值鏈的***。在計算機通信不發達、Internet企業尚未成型時，增值鏈上各成員組織只能采用電話、電報、信件、傳真、人員攜帶資料出差等具有種種缺陷(如容量小、速度慢、費用較高、查檔不便)的聯絡方式，致使許多成員組織(特別是中小企業)因信道不暢而失去商機的情形時有發生。計算機通信時代的到來和Internet的崛起，尤其是電子商務活動的蓬勃發展，則為中小企業突破信息壁壘、參與組建跨行業、跨地域的增值鏈提供了機會。
增值鏈的競爭力直接體現為最終產品的競爭力，但增值鏈的競爭力實際上來自其各個構成環節一各成員組織(不僅僅是最終產品生產企業)競爭力的整合，Internet的競爭力也只能來源于其各個成員組織競爭力的整合。
這種由增值鏈把各個具有相關利益的獨立單元連接而成的聯盟，形成一個增值伙伴網絡，網絡成員伙伴之間遵循共同的規則和標準，共享信息，共同響應市場，共同創造商機，相互協作，共同受益。
(2)企業與客戶間的合作伙伴關系
企業與客戶之間的商務往來活動表現在企業與它的直接客戶(消費者)間的銷售關系、企業與批發商的貿易合作關系、批發商與零售商之間的業務關系。
①企業與直接客戶間的銷售關系。電子商務活動在網上的一個直接的表現形式是開辦網上商店，即直接在網上推銷他們的產品，開設店面，陳列商品，標出價格，說明服務:消費者在網上選擇商品，提出要求，支付貨款，快遞送貨或上門取貨。這種銷售關系的建立，首先要靠企業(或商家)在自己產品的品牌、質量及服務等方面作出許諾和兌現，以取得消費者的信任和依賴，使消費者的確享受到電子商務和網絡消費所帶來的實惠，如快速便捷、節省時間、價格優惠、服務周到，才能逐漸形成相互信賴的、長期的、固定的銷售關系。
②企業與批發商的貿易合作關系。企業與批發商之間是一種貿易合作伙伴關系。批發商在流通領域內為企業的產品或商品流通開辟了一條通道，而企業為批發商提供源源不斷的貨源，企業與批發商之間以共同的利益為紐帶，建立了一種相互依賴、互相依存的伙伴關系。在電子商務時代，這種貿易伙伴關系通過網絡的聯絡，變得更密切，聯系更快捷、信息更誰確。
③批發商與零售商之間的業務關系。電子商務環境下，批發商與零售商之間的分銷業務關系也會變得更為緊密，以批發商為中心的零售商在地域分布上構成一個個網絡分銷，與電子化的網絡邏輯拓撲真正地融合在一起，貨物清單、明細、價格、盈缺、結算等以電子數據交換的方式在網上快速傳遞，由電子商務所帶來的經濟效益和商業利潤的增加是不言而喻的。(3)企業與銀行的合作關系
當然，對于企業和商家來說，開展電子商務活動還離不開銀行和金融部門網上業務的支持，通過網上銀行實現電子票據交換、電子貨幣的支付、電子資金的轉賬等，從這個層面上來看，網絡銀行與企業、商家的關系，也是一種B2C的合作關系。電子商務環境下的網上銀行具有物理位置無關性的新屬性，因而能夠給電子商務帶來更多的優勢:
①網上銀行允許以很低的成本進行跨國的金融服務，如果沒有法律的限制，只要網絡銀行可以通過Internet訪問位于全球各地的ATM網絡收取現金，客戶就可以在全球的任何一個地方購買金融服務。
②網絡銀行可以移動它們的物理位置而不會影響它與客戶既有的關系。網絡銀行甚至可以將自己的營業場所一夜之間從一個地域轉移到另一個地域。因此，網絡銀行與傳統的商業銀行相比，能夠以不斷變化的經濟形式和管理需求做出更快速的反應。如根據需要，它們可以很容易將業務轉移到成本低和要求低的地域。當然在現實生活中，不可能存在一個銀行將它的營業場所一夜之間轉移到別國的現象，但這種潛在的可能對于銀行來講具有法律和經濟意義，因為物理位置的變化帶來的信用危機常會改變銀行與它的客戶間的關系。
③網絡銀行淡化了傳統銀行與客戶之間長期的緊密聯系，因而改變了銀行與客戶之間的行為。在傳統的
網站建設商業銀行中，一個客戶一般是不會隨便更換銀行的，但如果客戶能夠以更低的成本與一家新銀行建立業務關系，那么他們可能會經常改變所開戶的銀行。如果客戶對某個網絡銀行不滿意，他可以立即轉移到其他的網絡銀行，從而獲得最低的營銷成本，所以網絡銀行也應通過各自的競爭來爭取客戶。
