生物降解是指微生物把有機物質轉化成為簡單無機物的現象。自然界中各種生物的排泄物及死體經微生物的分解作用轉化為簡單無機物。微生物還可降解人工合成有機化合物。如通過氧化作用，把艾氏劑轉化為狄氏劑；通過還原作用，把含硝基的除蟲劑還原為胺；芳香基的環裂現象也是微生物降解作用常見的一種反應。
微生物降解作用使得生命元素的循環往復成為可能，使各種復雜的有機化合物得到降解，從而保持生態系統的良性循環。
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