KEGG數據庫-pathway注釋信息下載
前面我們介紹KEGG數據庫下載中前兩部分:
1. KEGG 中蛋白序列的下載
2. 蛋白對應的pathway 相關注釋
有了這兩部分,我們就可以對不同物種的氨基酸序列進行注釋分析。如果要對蛋白在pathway上進行可視化標注,那就需要下載pathway想的注釋文件。主要有3類:
1. KGML 文件:
這個文件是對pathway 進行定義的文件,修改該文件就可以對代謝通路進行改變,比如通過顏色標注一些基因的差異表達信息。訪問API地址:
http://rest.kegg.jp/get/ko05130/kgml
其中ko05130 是KEGG中pathway的編號。
2. conf文件
conf 文件是對代謝通路中不同蛋白進行關聯的文件,比如同一個酶,在不同的物種中對應不同的蛋白編號。
訪問的API地址:
http://rest.kegg.jp/get/ko05130/conf
其中ko05130 是KEGG中pathway的編號。
3. image 文件
這個文件就是我們看到的代謝通路圖片。訪問的API地址:
http://rest.kegg.jp/get/ko05130/image
其中ko05130 是KEGG中pathway的編號。
通過這3個文件,我們就可以對pathway 進行一些可視化的定制了,比如關聯不同的基因信息,標注基因的上下調信息等
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