linux下Circos安裝
circos下載地址:http://circos.ca/software/download/circos/
下載后解壓:
tarxvfzcircos-0.67-pre4.tgz
然后進去circos-0.67-pre4目錄下的bin目錄
cdcircos-0.67-pre4/bin
檢查所需模塊:
./circos-modulesok1.26Carpok0.40Cloneok2.63Config::Generalok3.40Cwdok2.145Data::Dumperok2.55Digest::MD5ok2.84File::Basenameok3.40File::Spec::Functionsok0.2301File::Temp
不是ok的都是缺少的perl模塊,需要手動安裝。
安裝方法為使用perlCPAN安裝這些perl模塊。命令:
perl-MCPAN-eshell
出現下面提示符,即可繼續安裝。
CPAN[1]>
以安裝Clone模塊為例,install命令安裝,如下:
CPAN[1]>installClone
提示安裝成功即可安裝下一個模塊。
如perl -MCPAN -e shell命令失敗,出現如下情況:
Can'tlocateCPAN.pmin@INC(@INCcontains:/usr/local/lib64/perl5/usr/local/share/perl5/usr/lib64/perl5/vendor_perl/usr/share/perl5/vendor_perl/usr/lib64/perl5/usr/share/perl5.).BEGINfailed--compilationaborted.
則需先安裝perl-CPAN,命令如下:
yuminstallperl-CPAN
注意:
其中GD模塊安裝前需安裝GD作圖庫,命令為:
yuminstallgd*
有些模塊安裝可能會失敗,這時候可強制安裝:
CPAN[1]>forceinstallClone
所有模塊安裝完后在檢查一遍:
./circos-modules
全部為ok即可。
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