mirbase(如何理解mirbase數據庫)

miRbase 是由曼徹斯特大學的研究人員開發的一個在線的miRNA數據庫,該數據庫中收錄了來自200多個物種,接近4萬個miRNA的信息,是最全面的miRNA數據庫,網址如下

http://www.mirbase.org/index.shtml

我們可以方便的檢索和瀏覽該數據庫中的信息,以human為例, 在Browse菜單中,可以檢索到hman的所有miRNA前體,示意如下

ID代表miRNA前體的名字, Accesion代表miRNA 前體的編號;RPM為Reads perl million mapped的縮寫,代表miRNA前體的表達量;Chromosome, start,end,strand表示miRNA前體所在的染色體位置信息,Confidence`表示可信度。

以hsa-let-7a-1為例, 點擊該鏈接可以查看詳細信息,在詳情頁面,可以得到這個miRNA前體對應的基因,序列,莖環結構等信息

還可以看到這個miRNA前體產生的的兩條成熟的miRNA序列和對應的靶標數據庫,示意如下

miRNA靶標注釋可以分成以下兩大類

1. validated targets

實驗驗證的靶標結果,對應的數據庫如下

• MIRTARBASE

• TARBASE

2. predicted targets

軟件預測的結果, 對應的數據庫如下

• DIANA-MICROT

• MICRORNA.ORG

• MIRDB

• RNA22-HSA

• TARGETMINER

  
  

該數據庫是免費下載的,ftp地址如下

ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/

mirbase數據庫還可以為新發現的miRNA指定名稱,首選在線提交你的novel micoRNA 的序列,格式如下

然后會以郵件的形式,給你的新的miRNA 進行命名, 格式遵循miRNA命名的統一規范。

看完上述內容,你們掌握如何理解mirbase數據庫的方法了嗎?如果還想學到更多技能或想了解更多相關內容,歡迎關注本站行業資訊頻道,感謝各位的閱讀!