circBank對circBase數據庫中人類的環狀RNA數據加以整理,根據序列信息進行了蛋白編碼潛能,miRNA相互作用預測分析,并將所有結果整理成了在線數據庫,方便檢索和瀏覽,網址如下
http://www.circbank.cn/
circBank制定了一套系統的circRNA命名方式,以hsa_circ加上來源基因的名字區分不同來源基因對應的環狀RNA,對于來源基因相同的多個環狀RNA,以數字編號的后綴加以區分,示意如下
通過首頁的檢索框,可以根據circBank Id,circBase id,來源基因名稱,Refseq轉錄本名稱等多種方式進行檢索,檢索結果示意如下
點擊miRNA可以查看相互作用分析的結果,利用miRanda和targetscan兩款軟件預測circRNA和miRNA的相互作用,示意如下
點擊環狀RNA的id,可以查看相關詳細信息
采用CPAT和IRESfinder兩款軟件進行預測,結果示意如下
提供了COSMIC數據庫中相關的突變位點信息
該數據庫中的信息是免費下載的,其分析環狀RNA蛋白編碼潛能, miRNA互作的方法值得借鑒,另外將環狀RNA與SNP, RNA修飾聯系起來的思路,也為環狀RNA研究提供了一個新的視角。
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