targetscan數據庫(TargetScan數據庫有什么用)

哺乳動物中的miRNA通過結合轉錄本序列的3’UTR區,從而發揮轉錄后調控作用。TargetScan是一個專門分析哺乳動物miRNA靶基因的軟件,并且根據已有的分析結果整理成了數據庫,網址如下

http://www.targetscan.org/vert_72/

根據不同的代表物種,分成以下幾個子數據庫

1. TargetScanHuman

2. TargetScanMouse

3. TargetScanFly

4. TargetScanWorm

5. TargetScanFish

   
   

在預測miRNA靶基因之前,首先需要確定轉錄本的3’UTR區域,該數據庫通過一種名為3P-seq的測序技術,確定轉錄本對應的3’UTR區,該技術原理示意如下

并且結合該技術的分析結果和NCBI中已有的3’UTR注釋,提供一個綜合的3’UTR區序列。

我們都知道miRNA在不同物種間具有保守性,通過預測不同物種的miRNA靶標位點,targetscan的開發團隊發現其結合位點也具有一定的保守性,可以劃分成以下幾類

進一步根據結合區域的特定和miRNA的多序列比對結果,劃分成不同的miRNA family, 通過以下鏈接可以查詢targetscan整理的miRNA family信息

http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/vert_72/mirna_families.cgi?db=vert_72&species=Human

根據序列在不同物種間的保守性,將miRNA family劃分成以下4類

1. broadly conserved

2. conserved

3. poorly conserved

4. other mirbase annotations

   
   

以TargetScanHuman為例,檢索界面如下

在該數據庫中, 還包含其他物種的miRNA靶基因信息,比如mouse, 那么在TargetScanHuman和TartgetScanMouse中查詢到的小鼠miRNA靶基因信息是否一致呢?

當然是不一致的,官方的說法是兩個數據庫中確定3’UTR區域的方式不同,對于TargetScanhuman中的human而言,直接用human的3’UTR區域,對于mouse而言,通過同源序列比對的方式確定其3’UTR區域,用human的3’UTR序列和mouse的轉錄本比對,比對上的區域則為mouse的3’UTR區。

對于搜索功能,有以下3種用法

1. 檢索基因

支持gene symbol和Emsembl id兩種格式,檢索結果示意如下

給出這個基因對應的多個轉錄本和對應的3’UTR區長度,點擊每個轉錄本ID可以查看該轉錄本上的miRNA結合位點。

2,檢索轉錄本

支持Emsembl transcript id, 檢索結果示意如下

首先用一張圖來總體描述該轉錄本上的miRNA結合位點,具體的結合區域信息以表格形式展示,如下所示

3. 檢索miRNA

根據miRNA family的名字進行檢索,結果示意如下

除了在線檢索,官網也提供了下載功能,同時提供了數據和軟件,鏈接如下

http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/data_download.vert72.cgi

通過TargetScan, 可以方便的檢索哺乳動物中的miRNA靶基因信息。